La misión de la Auditoría Interna consiste en: Fiscalizar en forma independiente y objetiva la legalidad y la eficiencia de los controles internos y del manejo de los recursos institución en la organización y arbitraje de procesos electorales transparentes y confiables de los servicios registración civil e identificación de los costarricenses, mediante el ejercicio de sus competencias con total independencias y funcionamiento y de criterio, de cara a su responsabilidad para con la sociedad costarricense en la vigilancia de la Hacienda Pública. Constituye a que se alcance los objetivos institucionales, mediante la práctica de un enfoque preventivo, sistemático, profesional para fiscalizar y mejorar la actividad efectiva de la administración de riesgo, del control interno y de los procesos de dirección de la institución.
Y su visión es: A partir de la misión descrita, en el futuro se espera cumplir con la siguiente misión: Ser una unidad estratégica de calidad que agrega valor al Tribunal Supremo de Elecciones en el cumplimiento de sus objetivos.